Farfan hiện là cầu thủ quan trọng của đội tuyển bóng đá quốc gia Peru.[5] Kể từ khi có trận đấu ra mắt cho đội tuyển vào tháng 2 năm 2003, anh đã có hơn 30 lần ra sân. Anh cũng đóng góp những bàn thắng cho PSV cả ở giải nội địa và cúp C1 giúp PSV vào tới bán kết cúp C1 mùa giải 2004-05.

Jefferson Farfan kết thúc vòng loại World Cup 2006 khu vực Nam Mĩ với ngôi vị thứ 2 trong danh sách vua phá lưới với 7 bàn.

Anh từng bị treo giò 18 tháng ở đội tuyển quốc gia. Nhưng vào ngày 3 tháng 7 năm 2008, sau một phiên kháng án và xem lại những tình tiết, mức án treo giò được chuyển thành 3 tháng và 10.000 USD.

Anh được triệu tập tham dự World Cup 2018 diễn ra tại Nga, giải đấu mà anh đã góp mặt ở cả 3 trận vòng bảng trước Pháp, Đan Mạch và Úc. Đội tuyển Peru sau đó đã rời giải với 3 điểm, 1 trận hòa và 2 trận thua, chỉ ghi được 2 bàn thắng và bị thủng lưới 2 bàn.

Tại Copa América 2019 diễn ra tại Brasil, anh chỉ có được một bàn thắng trong chiến thắng 3-1 trước đối thủ yếu Bolivia.